У эскадрильи есть командир. У него есть зам. Ещё в эскадрилье есть лётный состав. И, возможно, к ней приписаны на постоянной основе механики и прочая аэродромная обслуга (а может быть, и нет).
Новобранцы проходят базовый курс подготовки, во время которого выясняется, что они могут и умеют. Физподготовка будет, полёты на тренажёрах, матчасть истребителя (что где находится, как называется, как включается-выключается, что означают надписи, циферки и показания приборов), навигация.
По результатам учебки их будут назначать в боевые звенья. Новичков постараются ставить ведомыми к более опытным. Будут учебные полёты, сначала на тренажёрах, потом с инструктором, потом самостоятельно. Сначала взлёт-посадка, потом полёт по заданному маршруту, потом тренировка основных функций (бомбардировщики бомбят, перехватчики перехватывают) - индивидуально, в паре, в звене, отработка взаимодействия с другими подразделениями.
Обязательно научат пользоваться связью (включать свою частоту и не лезть на чужую, запомнить команды и кодовые фразы).

Учитываем мы тот факт, что планета была в блокаде или считаем, что ноги делать начали практически сразу после вручения медалек? Если сразу, то уметь свернуться и дернуть они должны за несколько часов (Хот как пример). Откручиваем все ценное, запихиваем куда запихивается, матответсвенные носятся с выпучеными глазами, уцелевшие эскадрильи пакуют свою техническую сопроводиловку, запчасти и уцелевшие машины. Как вариант - машины уходят своим ходом (но длинные прыжки на крестокрылах это изврат, до корабля-носителя доучхать это одно, а три дня в комбинезоне лежать - другое). Решением командования распихиваем кого куда по запасным базам/первалочным пунктам.
Обустраивая большую базу на новом месте... Там много проблем со снабжением в первую очередь. Добровольцев набрать проще, чем их прокормить и обучить. Надо развернуть саму базу физически, системы ПВО, развесить спутники на орбите, чтоб врага засечь, развернуть генераторы щитов, обустроить казармы для личного состава, ангары для техники, места для поесть/помыться и пр, обучающий центр с тренажерами для новобранцев и тд и тп.
За эскадрилью будет отвечать комэск. Вообще можно просто прочесть пару книг из серии "Крестокрыл", там примерно половина проблем описана.